适用范围：EasyDIA LFQBench 报告生成、结果展示、报告文件打包、技术审核交付。
2. 交付目标与衡量标准
2.1 交付目标
完成 LFQBench 的报告生成与展示链路，覆盖 ProteinGroup 和 Precursor 两个层级，支持多物种 spike-in 比例数据的核心图表、表格、文件打包与页面展示。
2.2 衡量标准
- 后端运行成功，
backend_error.log 或对应 rerun log 中无 ERROR 等级报错。
- Shiny 报告页面无红色 Error 输出。
- 结果压缩包内容完整，PNG/CSV/RDA/ZIP 等关键文件均存在且可打开。
- 图表字体、颜色、图例、排版在全文保持一致。
- 表格具备搜索、分页、跳页、横向滚动能力。
- 文档通过技术部门审核。
3. PPT 第 2-9 页需求拆解
| PPT 页码
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需求摘要
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当前状态
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纳入计划
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| 第 2 页
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Ratio distribution：横坐标为 ProteinGroup/Precursor log2Quantity，纵坐标 log2FC；支持重复取平均或按日期分别作图；标注 actual ratio 和 SD。
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Scatter 已实现主体、density、ratio/SD；日期/平均模式需明确验收。
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作为必验图，补充日期模式和说明一致性检查。
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| 第 3 页
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log2FC| 分布；虚线为理论倍数；标注每段中位数；支持按日期或平均；按物种分开。
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Box / Group 已实现分箱、理论线、中位数、物种分面。
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调整图例右侧、字号和日期模式验收。
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| 第 4 页
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不同比例和日期下的 log2FC 分布；差异蛋白数目；差异蛋白占比；t-test + BH；阈值可自定义；区分物种。
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Diff counts/proportion 已实现核心逻辑；Prop 展示需和 Count 一致放大。
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作为高优先级验收项，补齐单样本跳过策略。
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| 第 5 页
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按 Fold change 区间汇总 completeness / CV，按 condition 着色。
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log2FC| completeness / CV 已实现。
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检查字号、标签遮挡和物种名完整性。
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| 第 6 页
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Quantity distribution；normalization 前/后；整体和按物种；样本相关性按比例/物种分开，以及不区分物种。
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Violin、Correlation by group/species 已实现部分；normalization 前/后需确认数据源是否可用。
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将相关性改成单组/单物种选择查看，补充 normalization 可行性评估。
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| 第 7 页
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Ident distribution；Precursor/ProteinGroup 分开；物种堆叠；相同比例不同日期放一起；Completeness 分布。
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Qualitative IDs 已实现但当前报错；Ident completeness distribution 待补。
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Qualitative 报错为阻断项；Completeness 分布列为补图任务。
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| 第 8 页
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按 log10 Quantity 区间汇总 data completeness，ProteinGroup/Precursor 分开，condition 着色。
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当前未完整覆盖。
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列入补图任务，复用现有分箱框架。
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| 第 9 页
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CV distribution：整体和按物种；按不同掺入比例；按 Quantity 区间汇总 CV。
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部分由 FCBin/CV 覆盖，但 CV distribution 待补。
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列入补图任务，先实现整体和 by species 两张图。
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4. 任务拆分
A. 基线固化与问题复现
| 编号
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任务
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产出
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验收标准
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| A1
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固化 demo 数据和完整数据路径，记录当前输入、参数、代码版本。
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run_context.md 或记录在交付说明中。
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可复现同一项目的 protein / precursor 运行。
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| A2
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复现单样本结果不一致问题，明确出错图表、表格和计算字段。
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问题定位记录。
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能说明不一致来自统计策略、分组映射、文件匹配或缺失值处理。
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| A3
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复现 Qualitative IDs 报错，检查后端 CSV/PNG 是否生成，检查 Shiny 输出是否读取错误文件名。
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错误日志和文件清单。
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能定位为后端生成失败、前端读取失败或旧结果兼容失败。
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B. 单样本结果不一致修复
| 编号
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任务
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产出
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验收标准
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| B1
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定义单样本统计规则：当任一 condition 样本数小于 2 时，不执行 t-test/CV 这类需要重复的统计。
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单样本规则说明。
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报告中不会产生看似显著但统计无效的结果。
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| B2
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差异分析中区分“可计算 log2FC”和“可计算 p/adj.p”的场景。
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后端逻辑修复。
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单样本可给 log2FC 描述性结果，p/adj.p 显示 NA 或跳过，并在表中保持一致。
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| B3
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完整性、CV、相关性在样本不足时输出带表头的空 CSV 或清晰状态，而不是报错。
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稳定输出文件。
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页面无 Error，表格可加载，必要时为空但结构完整。
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| B4
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建立单样本 fixture 和多重复 fixture，对同一逻辑做回归验证。
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测试记录。
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单样本、多重复项目结果逻辑一致且无冲突。
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C. Qualitative IDs 报错修复
| 编号
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任务
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产出
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验收标准
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| C1
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检查 Qualitative stacked/panel 的后端生成逻辑，确认 ProteinGroup 和 Precursor 文件命名规则。
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文件命名规则。
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前端和后端命名完全一致。
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| C2
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修复当前图报错：后端异常时仍输出表头；前端读取不到图时不显示 Shiny Error。
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代码修复。
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页面无红色 Error。
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| C3
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修复对应表格缺失：stacked/panel 均应有 CSV，且可搜索、分页、跳页。
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CSV 和 DT 表格。
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表格存在并可操作。
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| C4
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提高 Qualitative 图字号和画布尺寸，确保样本名、物种名、图例完整。
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PNG/PDF 输出。
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截图检查无明显遮挡、截断。
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D. 已有图表展示一致性修复
| 编号
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任务
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产出
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验收标准
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| D1
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统一 condition palette：按输入表中 condition 出现顺序分配，并在所有图保持一致。
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统一颜色函数。
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同一 condition 在所有图同色。
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| D2
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统一 species palette：按输入表中物种出现顺序分配，并在所有图保持一致。
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LFQBench_species_palette.csv。
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同一物种在 Scatter、Box、Diff、Qual 中同色。
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| D3
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Box / Group 图例放右侧，参考线使用 expected ratio，字号统一。
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新图输出。
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图例完整、主图不被压缩。
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| D4
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Prop Plot 和 Count Plot 同尺寸展示。
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新图输出和 UI 高度配置。
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两张图可读性一致。
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| D5
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Correlation 改为默认单组/单物种选择查看，避免合并图压缩。
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前端下拉选择和单图 PNG。
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相关性图中文字可读，无红色 Error。
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| D6
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所有 result card 描述中英文分行，语气和术语一致。
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UI 文案。
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全文无中英文混排风格不一致问题。
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E. PPT 待补图任务
| 编号
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图表
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任务
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优先级
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验收标准
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| E1
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Ratio distribution
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固化平均重复和按日期分别作图两种模式；输出对应 CSV。
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P0
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Scatter 图、density、actual ratio、SD 均完整。
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| E2
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Box by abundance/date
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明确平均模式和日期模式，补齐日期维度输出。
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P1
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每种模式均有 PNG/CSV。
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| E3
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Quantity distribution normalization 前/后
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确认是否有 normalization 前后两个数据源；若没有，先标注当前仅为当前输入定量值。
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P1
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数据源明确，不误导用户。
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| E4
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Ident completeness distribution
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按 completeness 占比统计 feature 数量，支持整体和 by species。
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P1
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生成图和表，ProteinGroup/Precursor 分开。
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| E5
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log10 Quantity completeness
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按 log10 Quantity bin 汇总 completeness，condition 着色。
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P1
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生成图和表，ProteinGroup/Precursor 分开。
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| E6
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CV distribution
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CV 分布图整体和 by species；按 condition 展示。
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P1
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生成图和表，无重复不足时报错。
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| E7
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Quantity-bin CV
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按 Quantity bin 汇总 CV 平均值。
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P2
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与 completeness 图风格一致。
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F. 文件完整性与报告打包
| 编号
|
任务
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产出
|
验收标准
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| F1
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建立输出文件 manifest：记录每个模块应生成的 PNG/CSV/PDF/RDA。
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LFQBench_file_manifest.csv。
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缺失文件可一眼定位。
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| F2
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结果包清理策略：相关性大型 PDF 默认不进入结果包。
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ZIP 规则。
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压缩包体积合理，关键 PNG/CSV 保留。
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| F3
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后端运行结束前检查关键文件是否存在，不存在则写 warning summary。
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backend_summary.csv。
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用户无需翻 log 即可看到缺失项。
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G. 回归测试与自查
| 编号
|
任务
|
产出
|
验收标准
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| G1
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protein demo
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运行日志、截图、文件清单。
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无 Error，图表可读。
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| G2
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precursor demo
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运行日志、截图、文件清单。
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无 Error，性能可接受。
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| G3
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原始完整项目抽样/全量回归。
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运行日志、耗时、文件清单。
|
无 Error，报告可打开。
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| G4
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单样本专项回归。
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专项结果和说明。
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不一致问题关闭。
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| G5
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跨浏览器最小检查：Chrome 或 Edge。
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截图。
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页面布局无明显错位。
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H. 文档与技术审核
| 任务
|
产出
|
验收标准
|
| 完成交付说明。
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wiki
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包含范围、运行命令、验收结果、已知限制。
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| 完成《web工具交付前的自查Checklist》。
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wiki
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技术部门审核。
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5. 潜在风险与备选方案
| 风险
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影响
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预防措施
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备选方案
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| 单样本无法支持 t-test、CV、相关性等统计。
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结果不一致或误导用户。
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明确统计规则，样本不足时不计算统计显著性。
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输出描述性 log2FC，p/adj.p/CV 标记 NA，并在表中说明 Insufficient replicates。
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| Qualitative 输入中物种、feature ID 或样本列缺失。
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图表生成失败。
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后端校验必需列，缺失时输出带表头空表和 warning。
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前端显示空表，不显示红色 Error。
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| 大型相关性图文件过大或不可读。
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报告卡顿、结果包过大。
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默认展示单组/单物种 PNG，PDF 不默认打包。
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提供 CSV 相关系数矩阵和 label map，必要时按用户选择单独下载。
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| Plotly protein scatter 点数过大。
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页面卡顿。
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protein 使用交互图，precursor 默认静态图；点数过大时抽样或降级。
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提供静态 PNG + CSV，交互图可开关。
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| 物种名过长导致 facet strip 截断。
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图表不可读。
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wrap label，增大画布和 margin。
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物种名改用短标签，另输出 label map。
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| Windows/VM 编码差异。
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中文乱码或脚本解析失败。
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代码注释和脚本尽量 ASCII-safe，文档 UTF-8。
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对 VM 端执行 Rscript parse 和页面 smoke test。
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| 结果文件名规则多次变更。
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前端找不到图或表。
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后端输出 manifest，前端优先按 manifest 找文件。
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前端保留 pattern fallback。
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6. 自查计划
6.1 代码级自查
Rscript parse 检查三个核心脚本：LFQBench.RLFQBench_script.RLFQBench_core_generation.R- 检查是否存在硬编码项目 ID、硬编码物种颜色、硬编码 condition 颜色。
- 检查单样本分支是否有明确逻辑。
- 检查所有
try(..., silent = TRUE) 是否有对应 warning 或 summary 输出。
6.2 运行级自查
- protein demo 运行。
- precursor demo 运行。
- 检查 log：
- 无
ERROR
- 无 Shiny output 红色 Error
6.3 报告级自查
- 每个 result card 的 Plot 和 Table 均可打开。
- 所有表格具备 search、page length、分页、Go to page。
- 所有图中标题、坐标轴、图例、物种名、样本名可读。
- 同一 condition / species 在所有图中颜色一致。
- 大图使用滚动容器，但描述不再把滚动条作为功能文案强调。
6.4 文件级自查
- 每个模块输出 PNG 和 CSV。
- 结果 ZIP 可正常下载和解压。
- CSV 有表头；无数据时也应有结构化空表或 summary。
- 不打包冗余超大 correlation PDF。
7. 交付验收形式
| 交付物
|
形式
|
验收方式
|
| 修复后的代码
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LFQBench.R、LFQBench_script.R、LFQBench_core_generation.R
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技术审核 diff 和运行结果。
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| demo 运行结果
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VM 项目目录和 ZIP
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页面打开无 Error，ZIP 内容完整。
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| 文件清单
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CSV 或 Markdown 表格
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核对关键模块 PNG/CSV 是否存在。
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| 截图包
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每个模块 Plot/Table 截图
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审核字体、排版、颜色一致性。
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| 运行日志
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protein_rerun.log、backend_error.log、summary
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无 Error 等级报错。
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| 交付说明
|
wiki
|
技术部门审核通过。
|
| 自查 Checklist
|
wiki
|
审核前逐项勾选。
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8. 时间节点
| 时间（天）
|
阶段
|
主要内容
|
交付物
|
| 1
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计划与基线
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完成计划、Checklist、PPT 需求拆解；确认 demo 和原始项目路径。
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本计划、Checklist、问题清单。
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| 1
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阻断问题定位
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复现单样本不一致和 Qualitative 报错；确认根因。
|
根因记录、修复方案。
|
| 1
|
P0 修复
|
修复单样本统计策略、Qualitative 图表报错、相关性默认单图展示。
|
代码修复、demo rerun。
|
| 1
|
现有图表一致性
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统一颜色、字号、图例、表格跳页；检查 Scatter/Box/Diff/CV/Violin/Correlation/Qualitative。
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截图包、文件清单。
|
| 1
|
PPT 待补图 P1
|
补 Ident completeness、log10 Quantity completeness、CV distribution 的最小可交付版本。
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新图和 CSV。
|
| 2
|
Protein + Precursor 回归
|
demo10pct protein/precursor 双层回归；检查 ZIP。
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运行日志、结果包。
|
| 2
|
技术审核
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整理交付说明、风险说明、已知限制，提交技术部门审核。
|
审核包。
|
| 2
|
缓冲
|
处理审核反馈和边界问题。
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修订版交付包。
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9. 退出标准
满足以下条件后可进入正式交付：
- demo protein 和 precursor 均运行成功。
- 单样本结果不一致问题有明确规则并通过专项验证。
- Qualitative IDs 无红色 Error，图和表均可展示或以结构化空表展示。
- 报告页面所有模块无 Error 等级报错。
- 结果 ZIP 内容完整，关键 CSV/PNG 可打开。
- 图表字体、图例、颜色、排版通过人工截图审核。
- 技术部门审核通过。