Web工具交付前自查Checklist

适用范围：omicscloud metabolite web 工具及同类 Shiny/R 后端分析工具。

1. 基础信息

• ☐ 项目 ID 已记录。
• ☐ 用户 ID 已记录。
• ☐ VM app 路径已记录。
• ☐ 项目数据路径已记录。
• ☐ 当前代码版本或文件修改时间已记录。

2. 代码自查

• ☐ 主脚本可 parse。

example: Rscript --vanilla -e "invisible(parse('etc/dep/metabolite_script.r')); cat('parse ok\n')"

• ☐ 前端函数可 parse。

example: Rscript --vanilla -e "invisible(parse('etc/dep/metabolite_func.r')); cat('parse ok\n')"

• ☐ Rmd 模板(如果有)可 purl/parse。
• ☐ git diff --check 无空白错误。
• ☐ 无临时调试代码残留。
• ☐ 无未关闭的强制 stop()、browser()、debug()。

4. 输入数据自查

• ☐ 原始数据文件存在。
• ☐ 样本信息表存在。
• ☐ 样本名与原始数据列名可匹配。
• ☐ Condition（如果有） 非空。
• ☐ QC（如果有） 标识一致。
• ☐ 单组/纯鉴定项目允许 comparison 为空。
• ☐ 多组差异项目 comparison 定义完整。
• ☐ KEGG/HMDB/LMSD/name/peak/mz/rt 列识别正确。
• ☐ 无把 name/peak/mz/rt 误识别为 KEGG 列。

5. 运行日志自查

• ☐ 日志中无 Execution halted。
• ☐ 日志中无 Error in。
• ☐ 日志中无未处理 REPORT_RENDER_ERROR。
• ☐ 如出现 REPORT_RENDER_WARNING，已确认是非阻塞 warning。
• ☐ 如出现 pandoc 137，已确认 fallback HTML 已生成。
• ☐ 日志中有最终完成状态或报告生成状态。

示例：

grep -n "Error in\|Execution halted\|REPORT_RENDER_ERROR\|Report render status" "$LOG" | tail -120

6. 结果文件自查

• ☐ Report/result.rda 存在且更新时间正确。
• ☐ Report/report.html 存在且非错误页。
• ☐ Report/report_server.html 存在且非错误页。
• ☐ Report/report.docx 存在且可打开。
• ☐ Report/report.zip 存在且可解压。
• ☐ 差异数量统计表存在。
• ☐ 分组对比结果表存在。
• ☐ 差异筛选结果表存在。
• ☐ Venn/UpSet 图片存在。
• ☐ QC 图片存在。
• ☐ PCA/PLS-DA/OPLS-DA 图片和 summary 表存在。
• ☐ KEGG/MSEA 图片和表格按项目类型存在。
• ☐ 物质分类图片和表格存在。

示例：

ls -lh "$PROJECT_ROOT/Report"/result.rda \
       "$PROJECT_ROOT/Report"/report.html \
       "$PROJECT_ROOT/Report"/report_server.html \
       "$PROJECT_ROOT/Report"/report.docx \
       "$PROJECT_ROOT/Report"/report.zip

7. 报告内容自查

• ☐ 首页或参数信息完整。
• ☐ 1.2 鉴定信息 数量正确。
• ☐ 1.3 差异信息 数量正确。
• ☐ 单离子/双离子显示正确。
• ☐ merge/split/sjtu/omicsolution 路线对应正确。
• ☐ 纯鉴定报告不展示不应存在的差异比较章节。
• ☐ 差异项目报告展示完整差异章节。
• ☐ Venn/UpSet 与差异数量口径一致。
• ☐ 图表没有空白、缺图或错误占位。
• ☐ 表格分页、列名、横向滚动正常。
• ☐ 中文无乱码。
• ☐ HTML 不是 rmarkdown 错误页。
• ☐ docx 不是空白或半截报告。

8. 格式排版自查

• ☐ 全文标题层级一致。
• ☐ 字体风格一致。
• ☐ 表格字体、边框、宽度一致。
• ☐ 图片比例正常，无拉伸变形。
• ☐ 图片标题和说明完整。
• ☐ HTML 左侧目录或 tabset 正常。
• ☐ 按钮、分页、搜索框不遮挡正文。
• ☐ 页面宽度和横向滚动符合预期。

9. 功能流程自查

• ☐ 上传数据流程可走通。
• ☐ 实验设计页面可保存样本表。
• ☐ 单组纯鉴定可进入下一步。
• ☐ 多组差异项目必须填写 comparison。
• ☐ 分析选项能正确保存。
• ☐ 预处理选项能正确保存。
• ☐ 数据筛选选项能正确保存。
• ☐ Apply Project 后后台任务正常启动。
• ☐ 任务状态能正确更新。
• ☐ 报告入口可访问最新报告。

10. 专项回归自查

10.1 demo3 split 单离子

• ☐ raw_feature_num=1483。
• ☐ remove_missing_num=1481。
• ☐ preprocess_feature_num=1152。
• ☐ preprocess_feature_num_name=1073。
• ☐ 参考 VM 差异数量为 234/370/370。
• ☐ Venn/UpSet 与参考 VM 一致。
• ☐ 其余非功能分析结果保持一致。

10.2 纯鉴定

• ☐ 单组 Condition 可继续。
• ☐ comparison 可为空。
• ☐ 无 names attribute [5] 报错。
• ☐ 报告包含纯鉴定应有章节。
• ☐ 报告不包含不应存在的差异比较错误章节。

10.3 报告渲染

• ☐ 正常 pandoc HTML 可生成。
• ☐ pandoc 失败时 fallback HTML 可生成。
• ☐ docx 可生成。
• ☐ zip 可生成。

11. 交付自查

• ☐ 修改文件清单已列出。
• ☐ 测试项目 ID 已列出。
• ☐ 日志路径已记录。
• ☐ 报告路径已记录。
• ☐ 已更新问题解决 Excel。

12. 技术审核签收表

项目 ID：
检查人：
检查时间：
代码 parse：通过 / 不通过
完整重跑：通过 / 不通过
Error 等级日志：无 / 有
报告文件完整：通过 / 不通过
报告格式排版：通过 / 不通过
zip 可解压：通过 / 不通过
技术审核结论：通过 / 需整改
备注：