周报(周立)
2024年04月01日-04月05日（第14周）
kseaKinaseTree 完善
- 将renderImage改用前端原生的html代码 img进行替换，通过addResourcePath添加到shinyApp中，让shinyApp可以展示App/www目录以外的图片。
- 通过javascript代码，让img tag的图片可以点击后放大。
- 通过 sesssion$onFlushed，让js代码效果对JavaScript后来动态生成的元素，比如img元素，也起作用。代码如下
- session$onFlushed(function() {
- shinyjs::runjs(imgClickJS)
- }, once=F)
- 改写JavaScript代码，让点击图片放大代码不在页面顶部生成重复的空白区域：主要是将.prepend zoomDiv移动到 shiny app的R代码中
- 测试kseaKinaseTree通过数据上传进行分析，无报错
- 改写sliderInput，防止数据上传后，因为round step等导致最大最小值会被过滤额掉，将sliderInput默认min max value都设置一个扩大的jitter值。
- 解决不同标签页通过update_mullongTextInput_server来更新数据时经常为NA无法同步的问题：
- mullongTextInput_server和update_mullongTextInput_server中，由于pull的column中包含NA，str_c后全部变为NA，所以需要使用replace_na将NA转换为字符串“NA”
- 给kseaKinaseTree添加直接输入gene进行kinome plot的代码
- 给kseaKinaseTree添加直接输入对齐的序列aligned seqs进行motif analysis的代码
- 解决直接从aligned seqs分析，不提供log2fc和pvalue无法拆分上下调后分析motif，以及无log2fc/pvalue无法根据motif预测激酶的问题。
- 通过结合用户指定+实际数据检测，生成一个inner变量，指明是否可以分析拆分上下调，以及预测激酶。
- 给前端添加上代码，防止不拆分上下调，以及不预测激酶时，前端展示报错的问题
- 给后端函数加上除了top6motif，其他motif不预测激酶也返回包含表头的0行表格，防止motif>6时报错。
- kseaKinaseTree部署到公司
kseaKinaseTree文档/软著书写
基本完成，有待补充图片。
2024年04月08日-04月12日（第15周）
kseaKinaseTree
完成kseaKinaseTree部署到公司，顺便解决几个小bug
完成kseaKinaseTree文档/软著说明书书写，以及代码整理
主要是0408-0409的工作
0410-0419休婚假
2024年04月15日-04月20日（第16周）
休婚假
2024年04月22日-04月26日（第17周）
0422
prottiMultiDose
- 修改：shiny侧边栏默认隐藏，title默认为空。
- 基本完成prottiMultiDose软著文档书写，以及代码整理。
lipms lipms_2
- 修改lipms lipms_2中的HCA作图函数，让其兼容超过65k行/列的超大数据。
TODO ksea barplot
将ksea barplot改用kssocre表格进行作图，而不是重新使用更多条件重新筛选计算kinase score，但是kseabarplot的z-score和ksea kinase score表格的z-score不一致。
0423
- prottiMultiDose软著完成+代码整理完成
- lipmsMultiTempe软著书写
0424
- lipmsMultiTempe软著完成
0425
kseaKinaseTree完善
- ksea ksscore表格添加排序，方便和ksea barplot顺序对应
- ksea barplot改用和计算ksscore一模一样的参数进行作图
0426
kseaKinaseTree完善
- 解决多组作图时kseaheatmap用renderPlot无法记录并保存的问题
- 分析结果页面添加图标简单说明
- 添加点击后分析等待的js动效。
- 将dtlistUI+Server改成没有表格时不显示下载按钮，有表格时有下载按钮，并且自带label的。
- 将glistUI+Server也改成自带label的。让不显示结果的时候，页面是空白。
0427 加班
kseaKinaseTree完善
- 纠正motif_plot横坐标数字错位的问题
- 给motif文本框加上等宽字体设置
2024年04月29日-05月3日（第18周）
重新部署shinyproxy，实现docker多开，负载均衡，并结合LDAP进行用户认证
0429
整理YS-1653分析需求，重新编号排版
0430
分析YS-1653 数量表征部分
0501-0505
五一假期
20240506-20240510 （第19周）
0506
分析YS-1653数量表征，完成
分析YS-1653强度表征
0507
分析YS-1653强度表征，基本完成
0508
校对和整理YS-1653分析结果，提交
0509
整理YS-1653项目代码
0510
分析内容，调整顺序，绘制思维导图
20240513-20240517 （第20周）
0513
项目代码构建shiny
完成数据整理模块
部分数量表征模块完成
0514
完成数量表征模块（后端）
0515
基本完成定量强度表征模块（后端）
0516
完成定量强度表征模块（后端）
0517
构建前端cohortQC 界面，reactive value传递报错。
20240520-20250524（第21周）
0520
继续尝试解决cohortQC前后端 reactive value传递报错问题
0521
未能解决从浏览器运行报错问题，暂时从rstudio运行app进行调试。
0522
仔细阅读shiny-server配置选项，结合尝试，
app无错断开问题定位到
app启动时长问题：修改 shiny app配置，创建.shiny_app.conf文件，并添加app_init_timeout 3600; 一定要加上分号。实际上不管用。
app idle timeout：也不管用。
session idle timeout: shiny-server pro版才支持的功能。
一个一个模块排查：发现是 facet_by batch出问题导致无法渲染出结果。
暂时禁止掉这个模块，往后测试。
0523
cohortQC
继续解决 densityplot2个分面图无法和其他图片共存的问题：无法解决。
不是冲突问题，在rstudio中可以运行，但是就是无法通过浏览器运行。
metabo / metabo_2
给 metab/metabo_2添加 sao（金黄色葡萄球菌属）背景数据库。
0524
完成cohortQC QC样本 + PCA 作图前后端调试。
0525
尝试通过brochure将cohortQC拆分成多个作图shinyApp组合的web app。在shiny中运行可以，在shiny-server中运行不行。
0526
学习javascript，看brochure，shiny-server源代码，尝试找出异常之处。
20240527-20240602(第22周）
有待誊写。
20240603-20240609(第23周）
0603
完成 palettePicker模块，实测可以传递参数。
0604
测试不同shinyApp之间传递数据的方法：
小数据可以直接通过cookie传递，大量数据无法通过cookie传递。
- 通过cachem磁盘缓存+session id，可以完成，但是读写较大，速度较慢
- 通过cachem内存缓存+session id，不能够,cachem的内存缓存不能够跨越app
- 通过给plumber给shiny-server添加API，方便不同shiny apps以及不同编程语言通讯，但是暂时没找到如何传递动态数据（用户上传并修改过的数据）的方法
- 通过 Redis内存缓存数据库 + cookie + session id，能够完成。
TODO 有待将每个子app都完成。
0605
给子app添加 以下功能
- 子app为fillable自动占满浏览器全屏幕。
- 单独的card也可以全屏。
- 作图card的大小可以调整。
发现调整card大小或者缩放浏览器页面的时候，图形变化较慢，探索原因
- 使用转toWEBGL（适合大数据，调用GPU），发现缩放还是很慢。
- 但是图片保存单独页面并不慢。有待进一步探索原因。
0606
- 尝试将子app的bslib和主app使用的shinydashboard风格统一，发现不兼容，bslib和bs4Dash也不兼容。
- TODO 有待整合主app和子app的风格。
- 给子app添加themer
0607
发现多个作图参数无法一层一层地传递给 reactive gglot2。不方便模块化。
TODO 有待测试是什么问题。
20240610-20240616(第24周）
0610
端午假期
0611
解决ggplot2多个参数作图一层层叠加传递的问题。
TODO 但是切换图形后，已有的参数并不管用，需要重新设置。可能还是要回到收集到所有参数后再作图，不过需要将其模块化。
修改bslib R包，将bs_themer设置为默认折叠的。需要在bslib --> bs-theme-preview.R中将243行的id = "bsthemerAccordion", class = "collapse show",去掉 show字样。
0612
完成子app的app主体设置
改正子App直接单独打开第二次，读取到第一次子app设置的cookie但是无内存缓存数据报错问题：将子app设置为只读取cookie不添加cookie，并且下游作图都先检查数据是否为空。
通过crosstalk，完成子app的 图 + 表格的联动。有待测试crosstalk是否支持分组摘要图形和详细表格的互动。
0613
修改bslib包，使其自定义app主体的标题为 App Theme
初步摸索了 bslib 和 ggplot2/lattice/base/plotly作图的主题联动。通过thematic包，能够实现主题联动。
但是ggplot2重新绘图后，背景色无法被修改，但是geom_shape可以联动。很奇怪，有待进一步摸索。
0614
分析并提交磷酸化项目P1127_mRNA_0611
0615
重新分析磷酸化项目P1127_mRNA_0611，磷酸组使用全蛋白进行标准化
0616
完成bslib包修改，使得GUI界面各种gap margin padding在非必要的情况下都为零，方便内容密集型dashboard的展示。为之后改纯桌面端、纯浏览器客户端以及server+client 3种部署方式统一界面。
分析并提交乙酰化项目 04.YS-CHI-028_ubiquitin
20240617-20240623(第25周）
0617
完善cohortQC文档。
将heatmaply热图添加 group等meta信息
0618
研究达达生信分析脚本，提交修改需求。
0619
完成磷酸组GUI设计
0620
整理磷酸组分析流程，做思维导图，总结兼容学校 + 公司的参数
0621
改写磷酸组至R包，预计2-3周左右完成。
20240624-20240430(第26周)
主要工作就是改写蛋白组+磷酸组联合分析流程
0624
梳理蛋白+磷酸组联合分析的流程：
- 调整文件夹结构
- 蛋白组增加标准化流程
- 磷酸组增加标准化前后位点统计
- 磷酸组自己添加注释独立出来。
- 整理总结过往所有项目分析需求，汇总到流程中，将需求合理安排在各个模块中。
0625
完成磷酸组模块化
数据输入
数据检测：软件，物种，keyid，长宽表格
数据整理：添加样本选择
0626
视频会议沟通磷酸化流程
磷酸组完成以下模块：
- 去除污染
- 去除非磷酸化
- 合并ID注释
0627
磷酸组完成以下模块：
缺失值剔除
缺失值填充
去log
标准化：sum mean median scale_factor，background扣减等标准化
0628
完成以下模块
PCA：从stats:prcomp改用 mixOmcis::pca，兼容缺失值
PLS-DA：兼容缺失值
HCA：兼容缺失值；兼容rowsd=0的，并且将这一行单独输出。
sample_correlation: 兼容缺失值
20240701-20240707(第27周)
继续完善磷酸组流程
差异计算：
- 添加limma，edgeR deSeq2算法。
- TODO 考虑添加兼容annova多组差异。
- TODO 差异分析将tryCatch单独提取出来，先检测数据是否有特殊情况，无特殊直接计算差异，而不是每一行计算都防止出错。
0701
给差异分析添加limma。
TODO 如何兼容重新划分分组，需要补充。
TODO 比较trycath与否的计算速度差异，有待测试。
0702
给pca plsda hca smscorr添加兼容定量表+分组表+指定coln_keyid的代码，而不是一定传入matrix.
统一pca plsda hca smscorr参数名称。
0703
给hca sms_corr添加颜色指定参数。
sms_corr可以指定颜色映射从0-1，而不是从min-max
0704
分析并整理 P1130 磷酸化项目
0705
后端整个流程代码书写，测试。
参考mixOmics，开发R包时，新建workflow文件夹专门用来放workflow，提高后期前端整合速度，而不是从一个个函数模块开始。
20240707-20240714(第28周)
后端模块和前端测试
完成参数设置 yaml的书写和模块设置。
测试前后端联动，可一键完成分析后然后按照需求一步步调整需求
每个单独的模块作为shiny module，也可以作为子app。既可以流程中调用修改数据（通过Redis内存数据库传递数据），也可以单独使用。
20240708-20240714
后端模块和前端测试
完成参数设置 yaml的书写和模块设置。
测试前后端联动，可一键完成分析后然后按照需求一步步调整需求
每个单独的模块作为shiny module，也可以作为子app。既可以流程中调用修改数据（通过Redis内存数据库传递数据），也可以单独使用。
主要还是磷酸组的开发，以及几个项目的分析。
0708
差异分析补充上edgeR算法。deseq2不合适。
缺失值填充添加基于正态分布的填充（perseus默认）
0709
整个流程测试，需要将取log调整到缺失值剔除和填充前面，以便兼容更多的缺失值填充方法。（来自DEP和mscoreUtils包）。
clone迁移虚拟机。
0710
基于用户修改的数据，重新分析YS-CHI-055_acetyl项目，提供蛋白组校正和非校正2套结果。
调整虚拟机网络和磁盘挂载，并简单测试。
0711
分析P1089项目
0712
分析YS-CHI-028_acetyl项目
修改虚拟机中 lipid metabo metabo_2 proteme_test(TPP) ptm ptm_2中火山图代码，让其兼容新版本R和R包。
20240715-20240721
虚拟机迁移；整理代码并同步到4个虚拟机；完成ptm_2集成春玉分析脚本。
0715
重新迁移虚拟机到宿主机OS7T83，再次修改相关代码。
测试黄春玉改写的达达 GO KEGG PPI脚本。
0716
修改ptm_2生信分析脚本，调用春玉脚本；修改bug。
0717
ptm_2生信分析分析人的脚本测试完成，没问题。
迁移虚拟机到宿主机 7763。修改脚本。
0718
整理过往多个app的代码。回顾梳理多个app各个版本的差异。
对比多处虚拟机多个app的脚本差异，并做同步（仅有lipid未完成）。
继续整理过往app，同步代码到以下3个虚拟机，并做简单测试：
- 7763
- OS-NASX
- OS7T83
0719
完成 metabo_2 docker 在Ubuntu22.04的构建。
有待使用shinyproxy管理调用docker
完成metabo_2 R包构建，测试其在windows目录下也可以完成分析。
20240712-20240728
0722
测试发现ptm_2分析mmu的生信时报错。
给ptm_2添加 db_name db_ver的参数接口，有待测试完成多个物种的生信分析。
20240826-20240901
0826
完成 ptm2 shiny app的r包修改，并完成测试
0827
完成 lipms2 shiny app的r包修改，并完成测试。
0828
完成 proLipTpp 的R包化修改，修复bug，并在易算7763 winOS 以win_ys 配置完成测试。
0829
- 解决 metabo2的提示没有 golem-config.yml的提示：
- 将 golem_add_external_resources中的app_title参数从 get_golem_name 修改为使用config包+app_sys读取yml文件。
- TPPMultiTempe在易算7763 winOS运行最后不出图的报错：
- 为tpptrCurveFit_mod添加参数 nCores=1
- 解决cohortQC几个参数没有传递/设置默认参数的问题。
0830
- 解决何丹丹说的 有些 lipid3 分析报错的问题 是化合物名称列选择错误：日志显示20230814沟通或改用 lipidMolecularSpecies 来进行分析的，而不是finalResults. 是何丹丹选择错误了。
- 整理14个 shinyApp的 demo data，bat文件。
- 继续将 proBioinfor 这个shinyApp 进行R包化。
20240902-20240906
主要是protBioinfor的R包化，功能补充和bug修改。
0902
完成KEGG富集分析后端函数，富集+作图
0903
尝试将达达KEGG可视化统一到proBioinfor，fc是必须参数，其他多个参数必须，除非大修改，无法统一。
0904
让GO KEGG PPI都支持uniprot ensembl entrez（go的entrez还需要补充背景数据库；go还支持symbol进行分析）id进行分析。
让proBioinfor支持直接输入ID进行分析，而非一定上传文件。
0905
protBioinfor前后端测试，将除了db以外的数据，都放入R包内。
0906
确认metao2的一个bug，有kegg cmpd id，但是没有注释到代谢通路，会报错，需要加上防止报错代码。
20240909-20140915
0909
protBioinfor代码收尾，完成R包化，外部数据写成yml配置，小数据内置到到R包中。
0910
protBioinfor代码收尾后联动测试前后端，确认可以运行。
0911
写ptm_2 这个shinyApp的使用文档，决定先以软著文档形式写，截图后续放大截取部分。
0912
继续写ptm_2文档，软著文档形式基本完成。
0913
删减ptm_2软著文档，截图放大截取。
TODO 有待校阅整理发给何丹丹，确认可行后后面多个app都以此形式书写。
0914
开始写lipid2/lipid3 metabo的文档。
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