糖分析流程2024

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Liuhebin（讨论 | 贡献）2024年8月30日 (五) 02:32的版本
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项目安排
任务安排时间 预计交付时间 实际交付时间 天数 预计耗时 实际耗时 分析项目 详细内容 备注
2023年01月04日(第1周) 2023年01月05日(第1周) 2023年01月05日(第1周) 2 6h 6h Fig2 pGlycoNovo单独鉴定的230个位点特异性糖了，肽段序列部分参考这个画，把位点match上去，每个位点那里糖组成按照2e那样画。
出图结果：文件:Fig2c.pGlycoNovo.pdf
2023年01月15日(第3周) 2023年01月15日(第3周) 2023年01月15日(第3周) 0 0.5h 0.5h Fig1 修改Fig1d的文字，坐标轴
2023年03月06日(第10周) 2023年03月11日(第11周) 2023年03月11日(第11周) 2 4h 4h 孔思远糖肽项目 Proteins Intensity Distribution CC type 排序图补充O糖和全部蛋白
2023年04月02日(第14周) 2023年04月09日(第15周) 2023年04月12日(第15周) 4+1 16h 16+4h Revise 要求：
  • Fig2b中Scan在pGlycoNovo和pGlyco3的交集中相同glycan和不同的比例；
  • Fig2c中230 pGlycNovo的glycans转化成Fig 2d；
  • Data20中谱图一致与谱图+糖型一致的比例，每个物种的谱图交盖；
  • Fig3e中pGlyco-only制作成Fig3f,3g,4a-f(不要底下热图)；
 修改完善：
  • 增加对应Fig2的scan交盖表格；
  • 增加Data-20糖型一致列的表格；
2023年04月15日(第16周) 2023年04月19日(第16周) 2023年04月19日(第16周) 4 16h 16h Revise 要求：
  • Data20中谱图一致性数据表格整合3.revise_fig3b_spectra_overlap_bar.pdf里；
  • Fig3e中pGlyco-only制作成Fig3f,3g,4a-f组合(也要底下热图)；
  • Fig3e中pGlyco3-only+overlap制作成Fig3f,3g,4a-f组合(也要底下热图)；
 进行核对
2023年04月29日(第18周) 2023年04月29日(第18周) 2023年04月29日(第18周) 1 2h 2h Revise 要求：
  • 统计pGlycanFinder的搜库结果Site-Gly去匹配Insect_S_trypsin_after_enrichme…teomics-R1-Compare-SiteGly.xlsx
2023年05月01日(第18周) 2023年05月06日(第19周) 2023年05月06日(第19周) 1 1h 1h Revise 要求：
  • glycanFinder新添加的没分类的那些，在这个“classified-DB”就写Yes
2023年05月06日(第19周) 2023年05月08日(第19周) 2023年05月09日(第19周) 2 4h 4h Revise 要求：
  • 加入glycoFinder重绘fig2a
2023年05月29日(第22周) 2023年05月30日(第22周) 2023年05月30日(第22周) 1+1 4h 4+2h Revise 要求：
  • 把pGlycoNovo单独鉴定到的这230个糖肽，和byonic鉴定到的糖肽，按照：1）Distribution of singly and multiply glycosylated protein（一个蛋白上位点数目分布），2）Distribution of  the number of glycans at each site （一个位点上糖链数目统计），3）Distribution of glycan size（糖链单糖个数统计）。统计规则参照fig4a-c。 图按照统计的这三个统计生产三幅图，每副图都是条形图，每副图上有pGlycoNovo only，Byonic 两类，即2个条形。
 修改完善：
  • 增加pGlycoNovo的结果
2023年05月31日(第22周) 2023年05月31日(第22周) 2023年05月31日(第22周) 1+1 4h 4+2h Revise 加入Glyco-Decipher 搜库结果重绘revise fig2a 修改完善：
  • 删除16条N=1的糖肽重新绘制
2023年06月07日(第23周) 2023年06月07日(第23周) 2023年06月07日(第23周) 1 2h 2h Revise 补充pGlycanFinder的验证结果；

补充pGlycanFinder和Glyco-Decipher的site-glycan sheet

2023年06月11日(第24周) 2023年06月12日(第24周) 2023年06月12日(第24周) 1 6h 6h Revise 1. 文件：Worm-03-GPSM

1.1. pGlyco3和pGlycoNovo谱图交盖,

1.2. pGlyco3和pGlycoNovo合并后和不同软件间的谱图交盖

2. 每个软件糖肽去冗余后的鉴定结果

2.1.给我一张excel：

Peptide Gly 1-pGNovo 2-pG3 3-MSFopen 4-StrucGP 5-GlycanFinder 6-Glyco-Decipher Classified

2.2 鉴定结果的交盖和每个软件鉴定结果分别按照糖型分类

2023年06月13日(第24周) 2023年06月13日(第24周) 2023年06月13日(第24周) 1 2h 2+2+2h Revise 文件：“Worm-1803-01-GPSM”

1. 每个软件糖肽去冗余后的鉴定结果

1.1给我一张excel

Peptide Gly 1-pGNovo 2-pG3 3-pG3+pGNovo 4-MSFopen 5-StrucGP 6-GlycanFinder 7-Glyco-Decipher Classified

1.2   以上1.1中7个软件鉴定结果的交盖，以及他们分别按照糖型分类（fig2a形式）

  • 核对1.2   以上1.1中7个软件鉴定结果的交盖，以及他们分别按照糖型分类+修改坐标轴；
  • 优化3-pG3+pGNovo和7-Glyco-Decipher的比例；
  • 优化venn图的展示：把pGlycoNovo和pGlyco3的结果去掉；
  • 制作pGlycoNovo和pGlyco3的交盖图，以及糖型分布的bar图
2023年06月14日(第24周) 2023年06月14日(第24周) 2023年06月14日(第24周) 1 2h 2h Revise 增加一个1803-01 这个raw，pglyco3和pglyconovo的谱图交盖，之前那个是13个raw的全部的交盖；

pGlyco3和pglyconovo a）谱图交盖 b）结果交盖，c）糖型分布

2023年06月16日(第24周) 2023年06月18日(第25周) 2023年06月19日(第25周) 1 6h 6h Revise 评估O糖的鉴定性能，以及组糖和atypical的糖型比较情况
2023年06月19日(第25周) 2023年06月19日(第25周) 2023年06月19日(第25周) 1 2h 2h Revise 修改Fig2b，整合fig2a到fig2 1）CoV-2那个PG3和novo合并的结果的Excel更新，

2）fig2的图更新，

3）s note3.6的图；

4）fig2 bar&pie tif；

5）Serum-O重分析的excel；

6）这个合并成横的吧？太长了，给我tif

7）这个也合并，合并的图都给我tif啊

8）这两个图图标顺序错了，修正，并给我tif

2023年06月20日(第25周) 2023年06月20日(第25周) 2023年06月20日(第25周) 1 2h 2h Revise 整合sars中pGlyco3和pGlycoNovo的糖肽信息到 Insect_S_trypsin_after_enrichment_Glycoproteomics-R1-Compare-SiteGly.xlsx 中
2023年06月20日(第25周) 2023年06月20日(第25周) 2023年06月20日(第25周) 1 2h 2h Revise Sars: s note3.6的图 合并；

模式生物：S.Note5.5-1 图合并

2023年06月21日(第25周) 2023年06月21日(第25周) 2023年06月21日(第25周) 1 2h 2h Revise Serum-O重分析的excel
2023年06月24日(第26周) 2023年06月24日(第26周) 2023年06月24日(第26周) 1 2h 2h Revise Venn&bar_pGlycoNovo_vs_pGlyco3.pdf 和1.2_鉴定结果的交盖和每个软件鉴定结果分别按照糖型分类.pdf修改 1）Venn&bar_pGlycoNovo_vs_pGlyco3.pdf 图你A图B图的overlap维恩图，按照实际的交盖给图给我，然后还有就是c图你右边那个图注顺序跟其他的保持一致。修改好把tif图给我；

2）1.2_鉴定结果的交盖和每个软件鉴定结果分别按照糖型分类.pdf，这个tif也给我；

3）之前的这三个图也给我tif，_sets 这个作为a图，把图上的pGlycoNovo 和pGlylyco3，_pie 作为b图

2023年06月27日(第27周) 2023年06月27日(第27周) 2023年06月27日(第27周) 1 4h 4h Revise 制作Fig1g 1）我改了下坐标好看一点，你在这个基础上美化一下，添加吧。把fig1 的e和f（新的f）图互换一下。
2023年08月30日(第34周) 2023年08月30日(第34周) 2023年08月30日(第34周) 1 4h 4h Revise 修改fig3j 按照review意见修改
2023年08月30日(第34周) 2023年08月30日(第34周) 2023年08月30日(第34周) 4 24h 24h 孔思远糖肽项目 1.和Uniprot比较(IMC-all)

2.NXS/T/C比例

3.交盖图

4.糖链长度分析；单位点糖链数分析；单蛋白糖基化位点数分析

5.毛线球图（IMC-PC、P3、P6、P10）

6.同位点糖链共发生热图（IMC-PC、P3、P6、P10）

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