周报(周立)

2024年04月01日-04月05日（第14周）

kseaKinaseTree 完善

1. 将renderImage改用前端原生的html代码 img进行替换，通过addResourcePath添加到shinyApp中，让shinyApp可以展示App/www目录以外的图片。
2. 通过javascript代码，让img tag的图片可以点击后放大。
3. 通过 sesssion$onFlushed，让js代码效果对JavaScript后来动态生成的元素，比如img元素，也起作用。代码如下
   • session$onFlushed(function() {
   • shinyjs::runjs(imgClickJS)
   • }, once=F)
4. 改写JavaScript代码，让点击图片放大代码不在页面顶部生成重复的空白区域：主要是将.prepend zoomDiv移动到 shiny app的R代码中
5. 测试kseaKinaseTree通过数据上传进行分析，无报错
6. 改写sliderInput，防止数据上传后，因为round step等导致最大最小值会被过滤额掉，将sliderInput默认min max value都设置一个扩大的jitter值。
7. 解决不同标签页通过update_mullongTextInput_server来更新数据时经常为NA无法同步的问题：
   • mullongTextInput_server和update_mullongTextInput_server中，由于pull的column中包含NA，str_c后全部变为NA，所以需要使用replace_na将NA转换为字符串“NA”
8. 给kseaKinaseTree添加直接输入gene进行kinome plot的代码
9. 给kseaKinaseTree添加直接输入对齐的序列aligned seqs进行motif analysis的代码
10. 解决直接从aligned seqs分析，不提供log2fc和pvalue无法拆分上下调后分析motif，以及无log2fc/pvalue无法根据motif预测激酶的问题。
    • 通过结合用户指定+实际数据检测，生成一个inner变量，指明是否可以分析拆分上下调，以及预测激酶。
11. 给前端添加上代码，防止不拆分上下调，以及不预测激酶时，前端展示报错的问题
12. 给后端函数加上除了top6motif，其他motif不预测激酶也返回包含表头的0行表格，防止motif>6时报错。
13. kseaKinaseTree部署到公司

kseaKinaseTree文档/软著书写

基本完成，有待补充图片。

2024年04月08日-04月12日（第15周）

kseaKinaseTree

完成kseaKinaseTree部署到公司，顺便解决几个小bug

完成kseaKinaseTree文档/软著说明书书写，以及代码整理

主要是0408-0409的工作

2024年04月22日-04月26日（第17周）

0422

prottiMultiDose

• 修改：shiny侧边栏默认隐藏，title默认为空。
• 基本完成prottiMultiDose软著文档书写，以及代码整理。

lipms lipms_2

• 修改lipms lipms_2中的HCA作图函数，让其兼容超过65k行/列的超大数据。

TODO ksea barplot

将ksea barplot改用kssocre表格进行作图，而不是重新使用更多条件重新筛选计算kinase score，但是kseabarplot的z-score和ksea kinase score表格的z-score不一致。

0423

• prottiMultiDose软著完成+代码整理完成
• lipmsMultiTempe软著书写

0424

• lipmsMultiTempe软著完成

0425

kseaKinaseTree完善

• ksea ksscore表格添加排序，方便和ksea barplot顺序对应
• ksea barplot改用和计算ksscore一模一样的参数进行作图

0426

kseaKinaseTree完善

• 解决多组作图时kseaheatmap用renderPlot无法记录并保存的问题
• 分析结果页面添加图标简单说明
• 添加点击后分析等待的js动效。
• 将dtlistUI+Server改成没有表格时不显示下载按钮，有表格时有下载按钮，并且自带label的。
• 将glistUI+Server也改成自带label的。让不显示结果的时候，页面是空白。

0427 加班

kseaKinaseTree完善

• 纠正motif_plot横坐标数字错位的问题
• 给motif文本框加上等宽字体设置

2024年04月29日-05月3日（第18周）

0429

整理YS-1653分析需求，重新编号排版

0430

分析YS-1653 数量表征部分

0501-0505

五一假期

20240506-20240510 （第19周）

0506

分析YS-1653数量表征，完成

分析YS-1653强度表征

0507

分析YS-1653强度表征，基本完成

0508

校对和整理YS-1653分析结果，提交

0509

整理YS-1653项目代码

0510

分析内容，调整顺序，绘制思维导图

cohortQC

20240513-20240517 （第20周）

0513

项目代码构建shiny

完成数据整理模块

部分数量表征模块完成

0514

完成数量表征模块（后端）

0515

基本完成定量强度表征模块（后端）

0516

完成定量强度表征模块（后端）

0517

构建前端cohortQC 界面，reactive value传递报错。

20240520-20250524（第21周）

0520

继续尝试解决cohortQC前后端 reactive value传递报错问题

0521

未能解决从浏览器运行报错问题，暂时从rstudio运行app进行调试。

0522

仔细阅读shiny-server配置选项，结合尝试，

app无错断开问题定位到

app启动时长问题：修改 shiny app配置，创建.shiny_app.conf文件，并添加app_init_timeout 3600; 一定要加上分号。实际上不管用。

app idle timeout：也不管用。

session idle timeout: shiny-server pro版才支持的功能。

一个一个模块排查：发现是 facet_by batch出问题导致无法渲染出结果。

暂时禁止掉这个模块，往后测试。

0523

cohortQC

继续解决 densityplot2个分面图无法和其他图片共存的问题：无法解决。

不是冲突问题，在rstudio中可以运行，但是就是无法通过浏览器运行。

metabo / metabo_2

给 metab/metabo_2添加 sao（金黄色葡萄球菌属）背景数据库。

0524

完成cohortQC QC样本 + PCA 作图前后端调试。

0525

尝试通过brochure将cohortQC拆分成多个作图shinyApp组合的web app。在shiny中运行可以，在shiny-server中运行不行。

0526

学习javascript，看brochure，shiny-server源代码，尝试找出异常之处。

20240527-20240602(第22周）

有待誊写。

20240603-20240609(第23周）

0603

完成 palettePicker模块，实测可以传递参数。

0604

测试不同shinyApp之间传递数据的方法：

小数据可以直接通过cookie传递，大量数据无法通过cookie传递。

• 通过cachem磁盘缓存+session id，可以完成，但是读写较大，速度较慢
• 通过cachem内存缓存+session id，不能够,cachem的内存缓存不能够跨越app
• 通过给plumber给shiny-server添加API，方便不同shiny apps以及不同编程语言通讯，但是暂时没找到如何传递动态数据（用户上传并修改过的数据）的方法
• 通过 Redis内存缓存数据库 + cookie + session id，能够完成。

TODO 有待将每个子app都完成。

0605

给子app添加 以下功能

• 子app为fillable自动占满浏览器全屏幕。
• 单独的card也可以全屏。
• 作图card的大小可以调整。

发现调整card大小或者缩放浏览器页面的时候，图形变化较慢，探索原因

• 使用转toWEBGL（适合大数据，调用GPU），发现缩放还是很慢。
• 但是图片保存单独页面并不慢。有待进一步探索原因。

0606

• 尝试将子app的bslib和主app使用的shinydashboard风格统一，发现不兼容，bslib和bs4Dash也不兼容。
  • TODO 有待整合主app和子app的风格。
• 给子app添加themer

0607

发现多个作图参数无法一层一层地传递给 reactive gglot2。不方便模块化。

TODO 有待测试是什么问题。

20240610-20240616(第24周）

0610

端午假期

0611

解决ggplot2多个参数作图一层层叠加传递的问题。

TODO 但是切换图形后，已有的参数并不管用，需要重新设置。可能还是要回到收集到所有参数后再作图，不过需要将其模块化。

修改bslib R包，将bs_themer设置为默认折叠的。需要在bslib --> bs-theme-preview.R中将243行的id = "bsthemerAccordion", class = "collapse show",去掉 show字样。

0612

完成子app的app主体设置

改正子App直接单独打开第二次，读取到第一次子app设置的cookie但是无内存缓存数据报错问题：将子app设置为只读取cookie不添加cookie，并且下游作图都先检查数据是否为空。

通过crosstalk，完成子app的 图 + 表格的联动。有待测试crosstalk是否支持分组摘要图形和详细表格的互动。

0613

修改bslib包，使其自定义app主体的标题为 App Theme

初步摸索了 bslib 和 ggplot2/lattice/base/plotly作图的主题联动。通过thematic包，能够实现主题联动。

但是ggplot2重新绘图后，背景色无法被修改，但是geom_shape可以联动。很奇怪，有待进一步摸索。

0614

分析并提交磷酸化项目P1127_mRNA_0611

0615

重新分析磷酸化项目P1127_mRNA_0611，磷酸组使用全蛋白进行标准化

0616

完成bslib包修改，使得GUI界面各种gap margin padding在非必要的情况下都为零，方便内容密集型dashboard的展示。为之后改纯桌面端、纯浏览器客户端以及server+client 3种部署方式统一界面。

分析并提交乙酰化项目 04.YS-CHI-028_ubiquitin

20240617-20240623(第25周）

0617

完善cohortQC文档。

将heatmaply热图添加 group等meta信息

0618

研究达达生信分析脚本，提交修改需求。

0619

完成磷酸组GUI设计

0620

整理磷酸组分析流程，做思维导图，总结兼容学校 + 公司的参数

0621

改写磷酸组至R包，预计2-3周左右完成。

20240624-20240430(第26周)

主要工作就是改写蛋白组+磷酸组联合分析流程

0624

梳理蛋白+磷酸组联合分析的流程：

• 调整文件夹结构
• 蛋白组增加标准化流程
• 磷酸组增加标准化前后位点统计
• 磷酸组自己添加注释独立出来。
• 整理总结过往所有项目分析需求，汇总到流程中，将需求合理安排在各个模块中。

0625

完成磷酸组模块化

数据输入

数据检测：软件，物种，keyid，长宽表格

数据整理：添加样本选择

0626

视频会议沟通磷酸化流程

磷酸组完成以下模块：

• 去除污染
• 去除非磷酸化
• 合并ID注释

0627

磷酸组完成以下模块：

缺失值剔除

缺失值填充

去log

标准化：sum mean median scale_factor，background扣减等标准化

0628

完成以下模块

PCA：从stats:prcomp改用 mixOmcis::pca，兼容缺失值

PLS-DA：兼容缺失值

HCA：兼容缺失值；兼容rowsd=0的，并且将这一行单独输出。

sample_correlation: 兼容缺失值

20240701-20240707(第27周)

继续完善磷酸组流程

差异计算：

• 添加limma，edgeR deSeq2算法。
• TODO 考虑添加兼容annova多组差异。
• TODO 差异分析将tryCatch单独提取出来，先检测数据是否有特殊情况，无特殊直接计算差异，而不是每一行计算都防止出错。

20240707-20240714(第28周)

后端模块和前端测试

完成参数设置 yaml的书写和模块设置。

测试前后端联动，可一键完成分析后然后按照需求一步步调整需求

每个单独的模块作为shiny module，也可以作为子app。既可以流程中调用修改数据（通过Redis内存数据库传递数据），也可以单独使用。

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