周报(周立)
2024年04月01日-04月05日（第14周）
kseaKinaseTree 完善
- 将renderImage改用前端原生的html代码 img进行替换，通过addResourcePath添加到shinyApp中，让shinyApp可以展示App/www目录以外的图片。
- 通过javascript代码，让img tag的图片可以点击后放大。
- 通过 sesssion$onFlushed，让js代码效果对JavaScript后来动态生成的元素，比如img元素，也起作用。代码如下
- session$onFlushed(function() {
- shinyjs::runjs(imgClickJS)
- }, once=F)
- 改写JavaScript代码，让点击图片放大代码不在页面顶部生成重复的空白区域：主要是将.prepend zoomDiv移动到 shiny app的R代码中
- 测试kseaKinaseTree通过数据上传进行分析，无报错
- 改写sliderInput，防止数据上传后，因为round step等导致最大最小值会被过滤额掉，将sliderInput默认min max value都设置一个扩大的jitter值。
- 解决不同标签页通过update_mullongTextInput_server来更新数据时经常为NA无法同步的问题：
- mullongTextInput_server和update_mullongTextInput_server中，由于pull的column中包含NA，str_c后全部变为NA，所以需要使用replace_na将NA转换为字符串“NA”
- 给kseaKinaseTree添加直接输入gene进行kinome plot的代码
- 给kseaKinaseTree添加直接输入对齐的序列aligned seqs进行motif analysis的代码
- 解决直接从aligned seqs分析，不提供log2fc和pvalue无法拆分上下调后分析motif，以及无log2fc/pvalue无法根据motif预测激酶的问题。
- 通过结合用户指定+实际数据检测，生成一个inner变量，指明是否可以分析拆分上下调，以及预测激酶。
- 给前端添加上代码，防止不拆分上下调，以及不预测激酶时，前端展示报错的问题
- 给后端函数加上除了top6motif，其他motif不预测激酶也返回包含表头的0行表格，防止motif>6时报错。
- kseaKinaseTree部署到公司
kseaKinaseTree文档/软著书写
基本完成，有待补充图片。
2024年04月08日-04月12日（第15周）
kseaKinaseTree
完成kseaKinaseTree部署到公司，顺便解决几个小bug
完成kseaKinaseTree文档/软著说明书书写，以及代码整理
主要是0408-0409的工作
0410-0419休婚假
2024年04月15日-04月20日（第16周）
休婚假
2024年04月22日-04月26日（第17周）
0422
prottiMultiDose
- 修改：shiny侧边栏默认隐藏，title默认为空。
- 基本完成prottiMultiDose软著文档书写，以及代码整理。
lipms lipms_2
- 修改lipms lipms_2中的HCA作图函数，让其兼容超过65k行/列的超大数据。
TODO ksea barplot
将ksea barplot改用kssocre表格进行作图，而不是重新使用更多条件重新筛选计算kinase score，但是kseabarplot的z-score和ksea kinase score表格的z-score不一致。
0423
- prottiMultiDose软著完成+代码整理完成
- lipmsMultiTempe软著书写
0424
- lipmsMultiTempe软著完成
0425
kseaKinaseTree完善
- ksea ksscore表格添加排序，方便和ksea barplot顺序对应
- ksea barplot改用和计算ksscore一模一样的参数进行作图
0426
kseaKinaseTree完善
- 解决多组作图时kseaheatmap用renderPlot无法记录并保存的问题
- 分析结果页面添加图标简单说明
- 添加点击后分析等待的js动效。
- 将dtlistUI+Server改成没有表格时不显示下载按钮，有表格时有下载按钮，并且自带label的。
- 将glistUI+Server也改成自带label的。让不显示结果的时候，页面是空白。
0427 加班
kseaKinaseTree完善
- 纠正motif_plot横坐标数字错位的问题
- 给motif文本框加上等宽字体设置
2024年04月29日-05月3日（第18周）
重新部署shinyproxy，实现docker多开，负载均衡，并结合LDAP进行用户认证
0429
整理YS-1653分析需求，重新编号排版
0430
分析YS-1653 数量表征部分
0501-0505
五一假期
20240506-20240510 （第19周）
0506
分析YS-1653数量表征，完成
分析YS-1653强度表征
0507
分析YS-1653强度表征，基本完成
0508
校对和整理YS-1653分析结果，提交
0509
整理YS-1653项目代码
0510
分析内容，调整顺序，绘制思维导图
20240513-20240517 （第20周）
0513
项目代码构建shiny
完成数据整理模块
部分数量表征模块完成
0514
完成数量表征模块（后端）
0515
基本完成定量强度表征模块（后端）
0516
完成定量强度表征模块（后端）
0517
构建前端cohortQC 界面，reactive value传递报错。
20240520-20250524（第21周）
0520
继续尝试解决cohortQC前后端 reactive value传递报错问题
0521
未能解决从浏览器运行报错问题，暂时从rstudio运行app进行调试。
0522
仔细阅读shiny-server配置选项，结合尝试，
app无错断开问题定位到
app启动时长问题：修改 shiny app配置，创建.shiny_app.conf文件，并添加app_init_timeout 3600; 一定要加上分号。实际上不管用。
app idle timeout：也不管用。
session idle timeout: shiny-server pro版才支持的功能。
一个一个模块排查：发现是 facet_by batch出问题导致无法渲染出结果。
暂时禁止掉这个模块，往后测试。
0523
cohortQC
继续解决 densityplot2个分面图无法和其他图片共存的问题：无法解决。
不是冲突问题，在rstudio中可以运行，但是就是无法通过浏览器运行。
metabo / metabo_2
给 metab/metabo_2添加 sao（金黄色葡萄球菌属）背景数据库。
0524
完成cohortQC QC样本 + PCA 作图前后端调试。
0525
尝试通过brochure将cohortQC拆分成多个作图shinyApp组合的web app。在shiny中运行可以，在shiny-server中运行不行。
0526
学习javascript，看brochure，shiny-server源代码，尝试找出异常之处。
20240527-20240602(第22周）
有待誊写。
20240603-20240609(第23周）
0603
完成 palettePicker模块，实测可以传递参数。
0604
测试不同shinyApp之间传递数据的方法：
小数据可以直接通过cookie传递，大量数据无法通过cookie传递。
- 通过cachem磁盘缓存+session id，可以完成，但是读写较大，速度较慢
- 通过cachem内存缓存+session id，不能够,cachem的内存缓存不能够跨越app
- 通过给plumber给shiny-server添加API，方便不同shiny apps以及不同编程语言通讯，但是暂时没找到如何传递动态数据（用户上传并修改过的数据）的方法
- 通过 Redis内存缓存数据库 + cookie + session id，能够完成。
TODO 有待将每个子app都完成。
0605
给子app添加 以下功能
- 子app为fillable自动占满浏览器全屏幕。
- 单独的card也可以全屏。
- 作图card的大小可以调整。
发现调整card大小或者缩放浏览器页面的时候，图形变化较慢，探索原因
- 使用转toWEBGL（适合大数据，调用GPU），发现缩放还是很慢。
- 但是图片保存单独页面并不慢。有待进一步探索原因。
0606
- 尝试将子app的bslib和主app使用的shinydashboard风格统一，发现不兼容，bslib和bs4Dash也不兼容。
- TODO 有待整合主app和子app的风格。
- 给子app添加themer
0607
发现多个作图参数无法一层一层地传递给 reactive gglot2。不方便模块化。
TODO 有待测试是什么问题。
20240610-20240616(第24周）
0610
端午假期
0611
解决ggplot2多个参数作图一层层叠加传递的问题。
TODO 但是切换图形后，已有的参数并不管用，需要重新设置。可能还是要回到收集到所有参数后再作图，不过需要将其模块化。
修改bslib R包，将bs_themer设置为默认折叠的。需要在bslib --> bs-theme-preview.R中将243行的id = "bsthemerAccordion", class = "collapse show",去掉 show字样。
0612
完成子app的app主体设置
改正子App直接单独打开第二次，读取到第一次子app设置的cookie但是无内存缓存数据报错问题：将子app设置为只读取cookie不添加cookie，并且下游作图都先检查数据是否为空。
通过crosstalk，完成子app的 图 + 表格的联动。有待测试crosstalk是否支持分组摘要图形和详细表格的互动。
0613
修改bslib包，使其自定义app主体的标题为 App Theme
初步摸索了 bslib 和 ggplot2/lattice/base/plotly作图的主题联动。通过thematic包，能够实现主题联动。
但是ggplot2重新绘图后，背景色无法被修改，但是geom_shape可以联动。很奇怪，有待进一步摸索。
0614
分析并提交磷酸化项目P1127_mRNA_0611
0615
重新分析磷酸化项目P1127_mRNA_0611，磷酸组使用全蛋白进行标准化
0616
完成bslib包修改，使得GUI界面各种gap margin padding在非必要的情况下都为零，方便内容密集型dashboard的展示。为之后改纯桌面端、纯浏览器客户端以及server+client 3种部署方式统一界面。
分析并提交乙酰化项目 04.YS-CHI-028_ubiquitin
20240617-20240623(第25周）
0617
完善cohortQC文档。
将heatmaply热图添加 group等meta信息
0618
研究达达生信分析脚本，提交修改需求。
0619
完成磷酸组GUI设计
0620
整理磷酸组分析流程，做思维导图，总结兼容学校 + 公司的参数
0621
改写磷酸组至R包，预计2-3周左右完成。
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