周报(周立)
2024年04月01日-04月05日（第14周）
kseaKinaseTree 完善
- 将renderImage改用前端原生的html代码 img进行替换，通过addResourcePath添加到shinyApp中，让shinyApp可以展示App/www目录以外的图片。
- 通过javascript代码，让img tag的图片可以点击后放大。
- 通过 sesssion$onFlushed，让js代码效果对JavaScript后来动态生成的元素，比如img元素，也起作用。代码如下
- session$onFlushed(function() {
- shinyjs::runjs(imgClickJS)
- }, once=F)
- 改写JavaScript代码，让点击图片放大代码不在页面顶部生成重复的空白区域：主要是将.prepend zoomDiv移动到 shiny app的R代码中
- 测试kseaKinaseTree通过数据上传进行分析，无报错
- 改写sliderInput，防止数据上传后，因为round step等导致最大最小值会被过滤额掉，将sliderInput默认min max value都设置一个扩大的jitter值。
- 解决不同标签页通过update_mullongTextInput_server来更新数据时经常为NA无法同步的问题：
- mullongTextInput_server和update_mullongTextInput_server中，由于pull的column中包含NA，str_c后全部变为NA，所以需要使用replace_na将NA转换为字符串“NA”
- 给kseaKinaseTree添加直接输入gene进行kinome plot的代码
- 给kseaKinaseTree添加直接输入对齐的序列aligned seqs进行motif analysis的代码
- 解决直接从aligned seqs分析，不提供log2fc和pvalue无法拆分上下调后分析motif，以及无log2fc/pvalue无法根据motif预测激酶的问题。
- 通过结合用户指定+实际数据检测，生成一个inner变量，指明是否可以分析拆分上下调，以及预测激酶。
- 给前端添加上代码，防止不拆分上下调，以及不预测激酶时，前端展示报错的问题
- 给后端函数加上除了top6motif，其他motif不预测激酶也返回包含表头的0行表格，防止motif>6时报错。
- kseaKinaseTree部署到公司
kseaKinaseTree文档/软著书写
基本完成，有待补充图片。
2024年04月08日-04月12日（第15周）
kseaKinaseTree
完成kseaKinaseTree部署到公司，顺便解决几个小bug
完成kseaKinaseTree文档/软著说明书书写，以及代码整理
主要是0408-0409的工作
0410-0419休婚假
2024年04月15日-04月20日（第16周）
休婚假
2024年04月22日-04月26日（第17周）
0422
prottiMultiDose[编辑 | 编辑源代码]
- 修改：shiny侧边栏默认隐藏，title默认为空。
- 基本完成prottiMultiDose软著文档书写，以及代码整理。
lipms lipms_2[编辑 | 编辑源代码]
- 修改lipms lipms_2中的HCA作图函数，让其兼容超过65k行/列的超大数据。
TODO ksea barplot[编辑 | 编辑源代码]
将ksea barplot改用kssocre表格进行作图，而不是重新使用更多条件重新筛选计算kinase score，但是kseabarplot的z-score和ksea kinase score表格的z-score不一致。
0423
- prottiMultiDose软著完成+代码整理完成
- lipmsMultiTempe软著书写
0424
- lipmsMultiTempe软著完成
0425
kseaKinaseTree完善
- ksea ksscore表格添加排序，方便和ksea barplot顺序对应
- ksea barplot改用和计算ksscore一模一样的参数进行作图
0426
kseaKinaseTree完善
- 解决多组作图时kseaheatmap用renderPlot无法记录并保存的问题
- 分析结果页面添加图标简单说明
- 添加点击后分析等待的js动效。
- 将dtlistUI+Server改成没有表格时不显示下载按钮，有表格时有下载按钮，并且自带label的。
- 将glistUI+Server也改成自带label的。让不显示结果的时候，页面是空白。
0427
kseaKinaseTree完善
- 纠正motif_plot横坐标数字错位的问题
- 给motif文本框加上等宽字体设置
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