PTM-DIA
DIA特异的翻译后修饰位点定位算法
相较于传统的DDA方法，DIA方法进行翻译后修饰的数据采集能够得到更加全面的信息比如碎片离子的完整同位素峰分布，生成与目标母离子峰型相似的色谱洗脱峰（XIC），而后者则有助于系统的去排除干扰碎片离子，这是传统DDA方法无法做到的。以上两个方面结合碎片离子强度及质量精度匹配进行鉴定评分，每个碎片离子将会得到特定的加权得分进一步用来计算特定位点的定位得分。首先该算法会将识别到的肽段-子离子进行组合，针对每一特定的组合，将该修饰肽段所有可能存在的修饰位点组合一一列举（如图a）
然后针对每一候选的修饰位点，该算法会将该组合内的所有子离子与母离子进行匹配，从而评判该碎片离子是确证了该修饰位点的存在（Confirming）还是能够否定（Refuting）该修饰位点的存在（图c），随即结合特征峰、质量准确性和XIC（图b）相关性等方面的匹配，计算每个碎片离子的得分。最后，该候选修饰位点的得分等于所有确证离子的得分总和减去否认离子的得分总和（Score(cand)）。而该位点发生修饰的概率则为：所有包含该特定修饰位点的候选得分加和/全部修饰位点候选得分加和（如图d）
